La bibliothèque du musée des Confluences compte plus de 15 000 volumes sur les sciences naturelles, l’ethnologie, les voyages d’exploration.
Les sciences naturelles se taillent la part du lion, avec des ouvrages classiques de scientifiques français et étrangers (Belon, Buffon, Cuvier, Darwin, Gould, etc.), mais aussi un fonds important liés aux écoles lyonnaises de botanique, d’entomologie, de malacologie et de paléontologie : Mulsant, Rey, Lortet, Locard, Terver, Depéret, Thiollière et bien d’autres donnent au musée des ouvrages, voire des bibliothèques entières.
L’anthropologie et l’égyptologie sont également bien représentées du fait des travaux scientifiques menés notamment par Louis Lortet, Ernest Chantre et Claude Gaillard.
Les livres de voyages d'Abel de Petit-Thouars, de Dumont d’Urville ou de Gaimard pour ne citer qu'eux témoignent de l’engouement des expéditions scientifiques à travers le monde, menées par des spécialistes de plusieurs domaines.